Henrik Magnus Schmidt wurde 1973 in Weilburg an der Lahn geboren, wo er zunächst Orgel-, später auch Schlagzeug- und Klavierunterricht erhielt. 

Nach Abitur und Zivildienst begann er 1994 sein Studium an der Staatlichen Hochschule für Musik Karlsruhe bei Prof. Hans-Jörg Bayer, Prof. Jürgen Heinrich und Prof. Isao Nakamura und schloss mit Auszeichnung ab. Ergänzend dazu folgte in den Jahren 2002 und 2003 ein künstlerisches Aufbaustudium an der Hochschule für Musik Hanns Eisler Berlin bei Prof. Edgar Guggeis und Prof. Rainer Seegers.

Er war während des Studiums Mitglied verschiedener internationaler Jugendorchester wie dem Schleswig-Holstein Musikfestival Orchester und dem Europäischen Jugendorchester (EUJO).

1998 erfolgte die erste Festanstellung als Schlagzeuger mit Verpflichtung zur Pauke im Sinfonieorchester Wuppertal, in den Jahren 2000 bis 2003 war er beim SWR Rundfunkorchester Kaiserslautern als Erster Schlagzeuger und stellvertretender Solopauker engagiert.

Seit 2003 ist Henrik M. Schmidt stellvertretender Erster Schlagzeuger des Deutschen Symphonie-Orchesters Berlin, in dem er von 2007 bis 2009 auch dem Orchestervorstand angehörte.       

Neben seiner Orchestertätigkeit ist er nicht nur regelmäßig bei den bedeutenden Kulturorchestern Deutschlands zu Gast, sondern widmet er sich auch intensiv der Kammermusik und das sowohl im Bereich der Perkussion, als auch in Kombination mit anderen Instrumenten und Ensembles. 2004 gründete er zusammen mit Prof. Christian Hartmann (Solopauker des Tonhalle Orchesters Zürich) das Perkussionduo TWOtone und im Jahre 2010 das „Symphonic Percussion Ensemble Berlin“, gemeinsam mit Rüdiger Ruppert, Björn Matthiesen (Deutsche Oper Berlin) und Jens Hilse (Deutsches Symphonie-Orchester Berlin).

Solokonzerte mit verschiedenen Orchestern, Konzertreisen nach Asien, Amerika und Europa, Einladungen zu verschiedenen Musikfestivals und Engagements als Gastdozent bei Sommerkursen und Hochschulen beschreiben seine Vielseitigkeit als Musiker.

Henrik M. Schmidt unterrichtet an der Hochschule für Musik und Theater Rostock. Im Oktober 2016 wurde ihm für seine Verdienste der Titel einer Honorarprofessur verliehen.