Die gebürtige Rostockerin begann ihre erste musikalische Ausbildung bereits mit vier Jahren am Rostocker Konservatorium. An der Hochschule für Musik in Dresden studierte sie bei Prof. Eckart Haupt und Prof. Ulrich Philipp. Wertvolle Anregungen erhielt Anja Setzkorn-Krause als Stipendiatin der Stiftung "Villa Musica" durch Prof. Jean-Claude Gerard und Prof. Roswitha Staege. Bereits während ihres Konzertexamens begann sie ein dreijähriges Kammermusikstudium mit dem "Trio Albert" in Dresden, welches sie mit "Auszeichnung" beendete.

Orchestererfahrung sammelte sie als Substitutin der Staatskapelle Dresden, ständige Aushilfe als Solo-Flötistin in Riesa, Freiberg und Görlitz, als Piccolistin bei den Dresdner Symphonikern und den Dresdner Kapellsolisten.

Seit 2000 ist sie Soloflötistin der Norddeutschen Philharmonie Rostock und Dozentin für Querflöte, Kammermusik und Orchesterstudien an der Hochschule für Musik und Theater Rostock mit einer eigenen Flötenklasse. 2016 wurde Anja Setzkorn-Krause zur Honorarprofessorin berufen. 2008 promovierte die Künstlerin an der Philosophischen Fakultät der Universität Rostock auf dem Fachgebiet der pädagogischen Psychologie.

2008 initiierte sie das "Internationale Sommerfestival Johann Heinrich von Thünen" in Gottin und engagierte sich bis 2016 als dessen künstlerische Leiterin. Sie gibt Internationale Meisterkurse und zahlreiche Konzerte mit dem Pianisten Jens Hoffmann.

Als gefragte Kammermusikerin arbeitete sie u.a. mit Saschko Gawriloff, Gert von Bülow, Ludwig Güttler, Albrecht Holder, Sigune von Osten, dem Trio Albert, Michael Stöckigt und dem Ensemble m-v connect. Konzertreisen als Solistin und Kammermusikerin führten sie u.a. nach Polen, Mazedonien, Finnland, in die Schweiz, die VR China und nach Südafrika. 2011 erschien mit dem Pianisten Jens Hoffmann eine Kammermusik-CD mit Sonaten des 20. Jahrhunderts.