Markus Johannes Langer wurde 1971 in Erlangen geboren. Er studierte schon vor dem Abitur als Gaststudent an der Münchner Musikhochschule das Hauptfach Orgel bei Prof. Hedwig Bilgram. Anschließend nahm er am gleichen Institut 1992 das Studium „Evangelische Kirchenmusik“ auf, das er 1997 mit mit dem A-Examen abschloss. 1997 folgte ein Aufbaustudium im Hauptfach Chordirigieren bei Prof. Michael Gläser. 1999 beendete er dies mit der Auszeichnung „Meisterklassendiplom“.

Unter seinen Förderpreisen und Auszeichnungen sind hervorzuheben das 1993 verliehene Stipendium der Richard-Wagner-Stipendienstiftung sowie der 1. Förderpreis der Stadt Coburg für junge Künstler, den er 1996 erhielt. Im Jahr 2009 verlieh ihm der Oberbürgermeister in Würdigung seiner Verdienste um die Kirchenmusik den Kulturpreis der Hansestadt Rostock. Im gleichen Jahr erhielt Markus Langer mit der St.-Johannis-Kantorei vom Ministerpräsidenten den Kulturförderpreis des Landes Mecklenburg-Vorpommern. In Anbetracht seiner überragenden Verdienste um die Kirchenmusik in der Evangelisch-Lutherischen Landeskirche Mecklenburgs verlieh ihm die Kirchenleitung im Dezember 2009 den Titel Kirchenmusikdirektor. Im Juni 2014 verlieh ihm die Theologische Fakultät der Universität Rostock die Ehrendoktorwürde in Anerkennung der besonderen Verdienste um Theologie und Kirche. Mit einem Eintrag in das Ehrenbuch der Hanse- und Universitätsstadt Rostock wurde Markus Langer im September 2021 für seine über 20-jährigen herausragenden Verdienste um das nationale und internationale kulturelle Ansehen der Hanse- und Universitätsstadt gewürdigt.

Bis 1999 war Langer als Kantor an der Laudatekirche München tätig, mit deren Chören er ein breites Repertoire erarbeitete und hatte die künstlerische Leitung des Münchner Konzertchores inne, mit dem er auch außerhalb Münchens, unter anderem im Berliner Dom, auftrat.

Seit dem 1. Februar 2000 ist Markus Langer als Nachfolger von KMD Prof. Hartwig Eschenburg Kirchenmusiker an der St.-Johannis-Kirche in Rostock und leitet eine der größten Kantoreien Norddeutschlands (circa 400 aktive Mitglieder), die mit ungefähr 50 Konzerten im Jahr an die Öffentlichkeit tritt.

Mit Beginn des Sommersemesters 2000 nahm Langer zusätzlich eine Lehrtätigkeit in den Fächern Chorleitung und Oratorieninterpretation an der Hochschule für Musik und Theater Rostock auf. Anfang des Sommersemesters 2008 wurde ihm dort eine Honorarprofessur verliehen.

CD- und Rundfunkaufnahmen dokumentieren sein breitgefächertes künstlerisches Profil. Ihn verbindet eine regelmäßige Zusammenarbeit unter anderem mit Künstlerinnen und Künstlern wie Bogna Bartosz, Sylvia Schwartz, Kai Wessel, Thomas Quasthoff, Peter Kooy, den KING’S SINGERS und dem HILLIARD ENSEMBLE.